Kromě povětrnostních podmínky jako je silný vítr, sníh, mráz a vysoké teploty, nejvíce rostliny ohrožují choroby a škůdci. Napadají listy, květy, plody i kořeny a brání v jejich správném vývoji a růstu. Základní rozdělení je na choroby virové, houbové a bakteriální a dále na živočišné škůdce. Virové nemoci se přenáší sazenicemi a očky a také je přenáší mšice a další hmyz. Napadené rostliny je nejlepší vykopat a spálit.
Houbové nemoci napadají rostliny na zanedbaných a málo ošetřovaných zahradách. Koruny stromů proto prosvětlíme a provzdušníme řezem, půdu provápníme a pohnojíme. Pravidelně aplikujem postřik proti houbovým chorobám. Dobrá výživa a postřiky ochrání Vaše rostliny i před chorobami bakteriálními. Ty napadají zejména oslabené a špatně ošetřované rostliny. Proto půdu pravidelně plejeme, hnojíme, zaléváme a chráníme postřikem.
Nejvíce rozšíření jsou ale živočišní škůdci. Platí na ně chemické postřiky a nasazují se na ně draví živočichové a paraziti. S každým škůdcem bojujeme specificky, ale je třeba dát pozor, protože postřik hubí i další nepřátele jiných škůdců a proto přípravky vhodně kombinujeme. Postřik je pak třeba opakovat, protože většina přípravků chrání jen proti jednomu vývojovému stadiu. Rostliny pravidelně kontrolujeme a napadené části okamžitě odstraníme nebo ošetříme.
Důležitou prevencí je také dezinfekce půdy, zejména u sazenic. Ideálně by se půda měla propařit horkou vodou nebo párou. K dezinfekci půdy můžete použít i chemické prostředky, které aplikujeme minimálně 4-5 týdnů před plánovaným výsevem nebo sadbou. K eliminaci nemocí a škůdců je také dobré zeleninu na záhoncích střídat. Tím se navíc půda jednostranně nevyčerpává a rostliny jsou silnější, odolnější a lépe prospívají.